مفهوم کیمیاگری در این داستان، نیرویی ماورایی است که توانایی تغییر در ساختار دنیا را دارد. چیزی میان جادو ، هنر و علم. هنگامی که دو برادر ، ادوارد و آلفونس الریک ، از این قدرت برای رسیدن به خواسته ی قلبی خود استفاده کردند و در قبالش تاوان سنگینی پرداختند: یکی دست راست و پای چپش را از دست داد ... و دیگری تمام بدن خود را. اکنون ادوارد یک مأمور دولتیست در خدمت ارتش که از قدرت های خود برای پیروی از دستورات بهره می برد. حتی اگر این دستورات به معنای کشتن شخصی دیگر باشد. در دنیایی که هر گوشه ای از آن توسط کیمیاگری زیر و رو شده است،سنگ فلاسفه بارقه ای از نورامید را در دل این دو برادر روشن می کند. سنگ فلاسفه ، گنجی بی نظیر و افسانه ای در جهان کیمیاگری است که می تواند همه چیز را به حالت عادی برگرداند. اما مسیر دستیابی به این سنگ ، مملوء از خطرات ناشناخته می باشد.